Microbiote et archées 

Archaeome

Depuis plus d'un siècle que les microbes / bactéries sont connus (travaux de Pasteur), on en retient généralement qu'il s'agit d'organismes vivants invisibles à l’œil nu, et dont certains sont de dangereux pathogènes : ils sont même parfois responsables des pires épidémies que l'on a pu éradiquer ou contre lesquelles nous sommes capables de lutter à l'aide de vaccinations et d'antibiotiques. Ceci ne donne qu'un aperçu succinct et partial de ces organismes. On en oublie à quel point ils comportent également de précieux auxiliaires du développement de l’humanité : ainsi, la « levure » (une cellule eucaryote, pas une bactérie) est certainement l’une des toutes premières espèces domestiquées par l’Homme : on lui doit le pain ou la bière, que nos ancètres semblent avoir fabriqué dès le néolithique, si ce n'est même avant, grâce à l'usage de ce microbe. 

Des microbes vivent également en étroite relation avec l'Homme (et les animaux d'une manière générale). Ils ont co-évolué avec nous, participent à notre biologie et forment donc une partie de ce qui nous constitue. On peut ainsi parler d'une véritable révolution conceptuelle de notre perception de ce qu'est l'Homme au cours de ces dernières années. Au cours de l'Histoire, nos connaissances nous ont amenés à reconsidérer notre place dans l'univers, souvent en se heurtant aux dogmes de toute sorte (et encore de nos jours!) : ainsi, l’Homme et sa planète ne sont pas au centre de l’univers et l'Homme est un produit de l’évolution qui partage un même ancêtre biologique avec d'autres primates comme avec... la levure de bière ou les bactéries.  Nous découvrons à présent que son propre corps abrite des microbes par milliards (le microbiome humain), commensaux et symbiotiques participant à sa propre physiologie et au bon fonctionnement de l'organisme. L’Homme est en fait un méta-organisme, constitué de ces propres cellules et de microbes, en quantité légèrement supérieures aux cellules « génétiquement » humaines. Des scientifiques n'hésitent plus à parler maintenant d'un organe de l'Homme oublié jusqu'à maintenant, à propos du microbiote intestinal humain.

Ces microbes colonisent toutes les parties de l'Homme en relation directe avec l'environnement extérieur, autrement dit, un bon nombre des épithéliums de revêtement de notre organisme.

Par exemple, la peau, les poumons,... abritent des microbes. La zone la plus colonisée reste le tube digestif humain… et en particulier l’intestin grêle et le côlon. Ce dernier forme un des microbiomes (dans l’acceptation écologue du terme) les plus denses de la planète.